Madde 48 – Bu Kanuna göre vergisi ödenmeden veya eksik ödenerek yurda sokulan eşyaların hiç alınmamış veya eksik alınmış Katma Değer Vergileri hakkında Gümrük Kanunundaki esaslara göre işlem yapılır.(Ek cümle: 16/7/2004-5228/18 md.) Ancak, indirim hakkı tanınan işlemlere konu eşyanın serbest dolaşıma girdiği tarihin içinde bulunduğu veya sonraki vergilendirme dönemlerine ilişkin olarak vergi dairesine verilen beyannamelere göre ödenen katma değer vergisi (sorumlu sıfatıyla ödenenler hariç), ithalde hiç ödenmemesi veya eksik ödenmesi nedeniyle tahsili gereken katma değer vergisinden düşülür.
(Ek fıkra: 3/6/1986 - 3297/14 md.) İthal edilen eşya ile ilgili olarak; katma değer vergisinden müstesna olduğu halde yanlışlıkla alınan veya fazla alındığı anlaşılan katma değer vergisi, indirim hakkına sahip olmayan mükelleflere, Gümrük Kanununa göre iade olunur.